Az abaligeti barlang a jégkorszak középső szakaszában alakult ki. A csapadékvíz beszivárgott a mészkő repedéseibe, és fizikai koptatással illetve kémiai oldással vízvezető barlangjáratokat alakított ki. Később kifejlődtek a víznyelők is, melyek a csapadékvizet a felszín alatti járatokba vezetik. A víz hordalékot sodor a barlangba, mely fizikai koptató erejével a barlangjáratok tágításának legfontosabb tényezője. Az abaligeti barlang esetében a vízfolyás az észak-déli irányú hegyszerkezeti törésvonal mentén találta meg az útját. A patak az év nagy részében szelíden folyik végig a barlangon, azonban a tavaszi vagy nyári árvizek alkalmával hatalmasra duzzad, ilyenkor a barlang száján a percenkénti 100-150 liter helyett 10-15 ezer liter víz ömlik ki. 1768-ban Mattenheim József molnár fedezte fel. Az abaligetiek a barlangot Paplikának nevezték, mivel a plébános használta pincének az előüregét. A barlangban közel kétszáz állatfaj él, köztük ritkaságok is megtalálhatók, mint például két barlangi vakrák, melyek csak itt élnek. A barlang állatvilágának közel felét a bogarak és a kétszárnyúak (különböző szúnyogok és legyek) teszik ki. Az emlősöket a denevérek 5 faja és a menyét képviseli. A barlangban lévő villanyvilágítás elősegítette egyes fotoszintetizáló növények, mohák, harasztok megtelepedését. A mohák között van egy faj, mely legközelebb csak az Északi-Kárpátokban él. A páfrányok között is található egy, mely a Mecseken csak itt található. Az abaligeti barlang főága 467 méter hosszú, magassága 3 méter körüli. Vezetővel végig lehet sétálni rajta, legszebb látványosságai az 1954-ben felfedezett Nagyteremben látható cseppkőképződmények